自然選擇的基本問題將在第四章里詳加論述；到那時我們就會看到，自然選擇怎樣幾乎不可避免地致使改進較少的生物大量絕滅，并且引起我所謂的“性狀分歧”（Divergence of Character）。在下一章我將討論復雜的、所知甚少的變異法則。在接著以下的五章里，將對接受本學說所存在的最明顯、最重大的難點加以討論；即：第一，轉變的難點，也就是說一個簡單生物或一個簡單器官怎么能夠變化成和改善成高度發展的生物或構造精密的器官。第二，本能的問題，即動物的精神能力。第三，雜交現象，即物種問雜交的不育性和變種間雜交的能育性，第四，地質紀錄的不完全。在第十一章，我將考察生物在時間上從始至終的地質演替。在第十二章和第十三章，將討論生物在全部空間上的地理分布。在第十四章，將論述生物的分類或相互的親緣關系，包括成熟期和胚胎期。在最后一章，我將對全書做一扼要的復述以及簡短的結束語。